原因の１つは「ライブラリ」の選択が「軽量版（よく利用されている言語のみ）」になっているから。
「全て（対応している言語全て）」を選択すれば解決する可能性があります。
背景
Cocoonではコードハイライトライブラリのhighlight.jsがデフォルトで使えます。
使い方はこちらの記事をご覧下さい。
注意点としては、Cocoon 1.9.5でhighlight.jsの軽量化がなされたことです。
そのため、デフォルトで対応するのはこちらのみとなります。
- Apache
- Bash
- C#
- C++
- CSS
- CoffeeScript
- Diff
- HTML, XML
- HTTP
- Ini, TOML
- JSON
- Java
- JavaScript
- Makefile
- Markdown
- Nginx
- Objective-C
- PHP
- Perl
- Properties
- Python
- Ruby
- SQL
- Shell Session
- YAML
参考：
Cocoonのコードハイライト機能で多言語に対応する方法（highlight.js）
highlight.jsの全言語対応版を使いたいとき
ダッシュボードで「Cocoon 設定」→「コード」をクリックします。
「ライブラリ」で「全て（対応している言語全て）」にチェックを入れます。
ページ下部にある「変更をまとめて保存」をクリックします。
これで完了です。
おわりに
私はR言語の記事を書くので、全言語対応版を使っています。
オンラインマガジンIEEE Spectrumの調査（The Top Programming Languages 2019）では、Rは５位になっています。
軽量版に入っているC#やJavaScriptよりも上位なので、軽量版に入っていて欲しかったところですが、国内でRはあまり使われていないのかも知れませんね。
また、全言語対応版の使用によりサイトが重くなる可能性があります。
そのような場合に備え、必要な言語のみのハイライトも可能なようです。
サイトが重いなと感じたらチャレンジしようかと思います。
では。
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